80 % des universités en déficit : comment l’État contraint l’enseignement supérieur et la recherche au pire

Lors d’une audition au Sénat en octobre 2025, le ministre Philippe Baptiste a estimé que les universités traversaient des difficultés, mais « ce n’est pas Zola non plus », a-t-il considéré.© BAZIZ CHIBANE/LA VOIX DU NORD/Maxppp

Les universités et les organismes de recherche publics mettent en garde depuis des mois sur leur situation budgétaire, alors que les débats parlementaires autour du PLF 2026 s’enlisent. Leur déficit s’explique notamment par un désengagement croissant de la puissance publique.

C’est une première pour l’université de Lille. Le rectorat a émis un avis défavorable au budget initial voté au mois de décembre pour l’année 2026. En cause, un déficit record, qui atteint 45 millions d’euros, soit deux fois plus que celui de l’année 2025. « Notre situation s’aggrave tout simplement parce que nous puisons tous les ans dans notre fonds de roulement », explique son président, Régis Bordet, à l’Humanité.
S’il admet que « la situation s’est compliquée à cause du choc énergétique », en 2022, celui qui effectue son deuxième mandat à la tête de l’établissement des Hauts-de-France pointe aussi la responsabilité de l’État. « Notre subvention pour charge de service public (SCSP) par étudiant est inférieure à la moyenne nationale », signale-t-il. Soit 30 millions d’euros de moins en moyenne.

L’université lilloise, l’une des plus grandes de France, a accueilli 17 000 élèves supplémentaires en l’espace d’une décennie. Comme toutes les autres facultés, l’essentiel de son financement provient de la subvention d’État. Elle concerne 64 % des fonds de l’université de Strasbourg, c’est-à-dire 385 millions d’euros, mais la présidence alerte, elle aussi, dans un communiqué de presse, sur un budget déficitaire de 14,5 millions d’euros.
« Cette situation s’explique en majeure partie par les mesures salariales pas ou insuffisamment compensées par l’État. » Selon le Syndicat national de l’enseignement supérieur (Snesup-FSU), « plus de 80 % des universités et des établissements d’enseignement supérieur publics ont dû voter un budget en 2025 en déficit », souvent parce que la SCSP ne tient pas compte de l’inflation.

Un soutien de l’État partiel ou retardé

« On a absorbé un boom démographique, plus 70 000 étudiants depuis 2017, sans compensation et soutien de l’État, détaille Emmanuel de Lescure, le secrétaire général du syndicat, auprès du journal. Ce qui fait que la dotation moyenne par étudiant et le taux d’encadrement sont en baisse. » Des élus jusqu’à la direction, « tout le monde fait le même constat ». Au point que « les arbitrages budgétaires des dernières années font peser la menace annuelle d’une augmentation exogène des dépenses à la charge des établissements », constate un rapport d’information du Sénat du 22 octobre 2025. La commission observe que « la compensation aux établissements du coût de mesures décidées par l’État s’est faite de manière partielle et retardée ».
Par exemple, « les mesures dites « Guerini » ont permis l’augmentation du point d’indice en 2023 et 2024 », déclare le Snesup-FSU, mais « n’ont jamais été financées par l’État ». Autre point de crispation : la mise en place de la protection sociale complémentaire (PSC), obligatoire à partir du 1er mai 2026. Un accord a été signé pour que la part employeur soit assumée par le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. Dans les faits, « les établissements prendront en charge cette dépense contrainte supplémentaire à 100 % », avertit Emmanuel de Lescure.
Contacté, le ministère n’a pas répondu aux questions de l’Humanité, notamment sur ce point. Lors d’une audition au Sénat en octobre 2025, le ministre Philippe Baptiste a estimé que les universités traversaient des difficultés, mais « ce n’est pas Zola non plus », a-t-il considéré.

Des assises demandées par le ministre

« Dans ce contexte, les établissements votent des budgets, et certains font le choix du pire », se consterne la CGT Ferc Sup dans un communiqué du 12 décembre, à propos de la réduction de l’offre de formation et du nombre de postes d’enseignants-chercheurs.
À l’université Paris-I-Panthéon-Sorbonne, la direction a ainsi augmenté les frais d’inscription pour les étudiants étrangers extracommunautaires : 2 895 euros pour une année de licence, contre 178 euros, et 3 941 euros en master, contre 254 euros actuellement. L’université de Montpellier opte pour une autre stratégie avec le vote d’un budget initial en déficit pour la sixième année consécutive, suscitant le rejet du rectorat. « Il n’y a pas d’économie à faire », soutient Fabien Bon, membre du Syndicat de combat universitaire de Montpellier (Scum) et élu au conseil d’administration.

Face à cette crise, Philippe Baptiste a annoncé des assises sur le financement des universités qui doivent se tenir au mois de janvier. Elles seront menées par Gilles Roussel, président de l’université Gustave-Eiffel de Marne-la-Vallée, et Jérôme Fournel, ancien directeur de cabinet de Michel Barnier à Matignon.
De quoi inquiéter les syndicats. Régis Bordet, lui, attend qu’« on se mette d’accord sur les chiffres et sur les inégalités entre universités. Bercy considère qu’on a un trésor de guerre, regrette-t-il. On ne peut pas avoir un grand pays avec des universités faibles ». Pour Pablo Rauzy, maître de conférences et élu CGT Ferc Sup à l’université Paris-VIII-Vincennes-Saint-Denis, « l’État les pousse à adopter les méthodes du privé, à les faire rentrer dans les rangs de l’austérité ».

La recherche en danger

Les assises ne concernent toutefois pas la recherche, bien que les mêmes mesures, comme la PSC, s’appliquent aussi à ce secteur. En 2023, le budget consacré à la recherche publique a atteint son niveau le plus bas depuis 1980, soit 0,74 % du PIB.
Ce taux demeure inférieur à l’engagement européen auquel l’État français a adhéré, en 2010, avec 3 % du PIB dédiés à la recherche et au développement, dont 1 % pour la recherche publique. La loi de programmation de la recherche (LPR), contestée par la communauté académique au moment de son vote en 2020, était supposée apporter 25 milliards d’euros d’investissement à la recherche sur dix ans. « La marche 2026 de la LPR, qui aurait dû être de 107 millions d’euros, ne sera que de 85,5 millions d’euros », prévient le Snesup.

Ce non-respect de la LPR place les organismes de recherche « dans une situation de déficit structurel intenable » et les oblige « à fortement réduire le nombre de recrutements », fait savoir le Syndicat national des chercheurs scientifiques (SNCS-FSU). À titre d’exemple, le CNRS a un déficit prévisionnel de 239 millions d’euros. Boris Gralak, secrétaire général du SNCS-FSU, évoque « un budget catastrophique ». « S’il y a un moindre souci, le CNRS n’a pas de trésorerie », s’alarme-t-il. La direction décrit une situation financière « saine il y a encore un an », s’appuyant sur un rapport de la Cour des comptes. Elle « s’est dégradée à partir de 2025 en raison de charges obligatoires non financées par l’État », même si « le CNRS pourra maintenir son activité scientifique en 2026 au niveau de 2025 ».

Un sursaut de service public

L’Académie des sciences, garante de la protection de l’esprit de la recherche, a adressé une lettre aux parlementaires, le 9 décembre, dans le contexte du projet de loi de finances (PLF) pour 2026. Elle mentionne le recul de la place de la France dans la recherche et l’innovation. « Les prévisions budgétaires de la recherche scientifique pour 2026 ne pourront qu’aggraver cette situation. » « L’enseignement supérieur et la recherche ne sont pas estimés à leur juste valeur », s’agace la présidente Françoise Combes, contactée par l’Humanité. La lettre rappelle que, « selon une étude de l’Udice (alliance de 13 grandes universités françaises – NDLR), chaque euro investi dans les universités de recherche génère un retour de 4 euros pour le pays ». La vision à court terme et « le manque de formation scientifique des décideurs » freinent ces investissements.
Les comparaisons internationales font mal. Le CNRS, l’Inrae et l’Inserm indiquent que « la France est le seul des grands pays scientifiques dont la dépense intérieure de recherche et développement expérimental (Dirde) n’a pas augmenté par rapport à son PIB depuis 1996, en restant à 2,2 % ».

En Allemagne, elle atteint 3,1 %, tandis qu’en Chine, elle est passée de 0,6 à 2,4 %. Le Français « Michel Devoret, prix Nobel de physique 2025, a effectué son travail à Berkeley, aux États-Unis », constate Françoise Combes. Le sous-investissement de l’État dans l’enseignement supérieur et la recherche a de multiples conséquences, dont la réduction du nombre de chercheurs et la fuite des cerveaux. Une affaire coûteuse, évaluée par le baromètre de la fédération Syntec à un milliard d’euros par an en moins pour la France.